多年来，邱毅教授心系两岸，始终旗帜鲜明地反对“台独”、坚定支持两岸统一。
近些年来，作为台湾政论名家，邱毅活跃于电视和网络媒体，他从专业学者的角度，以事实为依据，缜密、透彻地针砭岛内时弊、点评两岸时事，深受观众喜爱。在节目中，邱毅多次明确表达捍卫台湾民众利益、反对“台独”分裂、坚持两岸统一的坚定立场。
邱毅：“统一是必然的。台湾的民众、台湾的政治人物，难道你不要‘一国两制’，你要‘一国一制’吗？”
邱毅：“蔡英文是‘台独’首恶，这是没有问题的。可是你们投票给蔡英文，让她连任，那不是等于助纣为虐吗？”
2020年初民进党籍民代、时任蔡英文竞选办公室发言人林静仪在接受德媒采访时，公然宣称所谓“支持统一就是‘叛国’”，对此邱毅不仅在脸书发文表示“我就支持统一，来抓我啊”，还针对林静仪要将所谓“两国论”入法、最终实现民进党所谓“台独党纲”的目标的言论怒呛：
时为新党2020不分区民代候选人邱毅：“这不是‘法理台独’吗？这不是陷台湾于战争之中吗？这不是置台湾民生于水火吗？难道蔡英文这批人真的以为她手拿屠刀，台湾人民就是砧板上的鱼肉吗？”
因为旗帜鲜明地支持两岸统一的政治立场，邱毅也成为所谓“台独”分子的眼中钉、肉中刺。2019年12月31日，操作两岸对立的“反渗透法”刚一通过，邱毅立即遭民进党当局点名。
时为新党2020不分区民代候选人邱毅：“2020台湾地区领导人候选人辩论会的时候，宋楚瑜先生向蔡英文‘自首’，他说如果‘反渗透法’通过，他是不是也违反了‘反渗透法’呢？蔡英文告诉宋楚瑜说，你不用担心，不会办到你。然后民进党副秘书长林飞帆就说，要怕这个‘法’的，就是三个人，张安乐、吴斯怀、邱毅。”
您在宣布退出国民党不分区民代名单的时候就发文表示“我将在其它战场继续痛打邪恶污秽的势力，也将持续坚持我的人生理念，用我信仰的方法去爱台湾”，对于两岸您有着怎样的信念？您又会用什么样的信仰和方式来爱台湾呢？
邱毅：现在就我能力所及，我正在做的三件事。
第一件事 ，现在很多台湾的年轻人认为“台湾人不是中国人”，慢慢地他们甚至连自己是炎黄子孙都拒绝了，所以我必须要从文化上改变台湾年轻人的看法。文化是结合两岸人民的纽带，所以我一直在文化这个领域上面，我要把两岸之间的纽带重新建立起来。
我建立的方法其实也很简单，我会去谈台湾的山西刀削面它的由来是哪里，我会去谈台湾的北平上园楼是哪里，你们喜欢吃的蚵仔煎跟大陆福建的海蛎煎，虽然有一点差别，系出同源。而蔡英文可以封杀我在电视的平台，她封杀不了我网络的平台，我希望能够透过网络的平台，让所有台湾年轻人都知道，原来你们现在所做的东西很多都来自大陆，这是我做的第一件事。
我做的第二件事，我跟大陆现在推动的乡村振兴、融文旅结合，我还有企业，还可以帮助大陆的田园综合体引进新乡贤的投资，有资金的、有技术的、有管理的，而且我所推动的这些能够帮助台湾发展。例如说我帮助台湾的大蒜，让它能够在大陆找到出路，这对台湾来说又是个福音，这不是蔡英文封杀得了的。
第三个，我从我今天节目一开始，大家就知道我还有个专长，我很会教书。因为这样，所以我现在跟文化大学又开始合作了，我每个星期，我以六十几岁的年龄，我还有五天要上课，我教书第一天学生二十个，我教书的第二周我的学生变成一百个，我现在学生是上千了，每一班都如此，所以已经被要求连暑假都得开课。一样的，我会再创我过去“补习天王”的热度，一旦我成为“补习天王”的热度，我的学生大部分都是年轻人，他们红红火火地又迷我了，这时候我又突破了封锁网，我又可以影响到这些年轻人了。
我一次影响两百个、三百个，他们拓展出去，而且现在还可以做网络、做视频，可以在网络平台上把我上课不断播出来。我认为我这样是可以影响到对台湾、对台湾年轻人的思维，我上课常常也会在经济学、管理学的举例中，会把中国的文化灌输进来，会把两岸的形势灌输进来，会使大家在自自然然的情况之下，对于两岸有更正确的认知、对于整个中华文化有更正确的认知、对于台湾的未来有更正确的认知。
我认为我虽然已经六十几岁了，但是我还是期望，我闭上眼睛之前两岸之间是统一的，我希望能够发光发亮，仍然有帮助于两岸之间早日达成统一。
想了解更多精彩内容，快来关注海峡新干线
